VMM is een intern zelfstandig agentschap van de Vlaamse Overheid, met als opdracht bij te dragen aan de realisatie van de doelstellingen op het vlak van milieubeleid door het voorkomen, beperken en elimineren van de schadelijke effecten aan watersystemen en de atmosfeer, de rapportering over de toestand van het milieu en de realisatie van de doelstellingen van integraal waterbeheer.