Het ESF-Agentschap is verantwoordelijk voor de uitvoering en goed beheer van de programma's van het Europees Sociaal Fonds in Vlaanderen. Daarnaast beheert het ESF-Agentschap Vlaanderen het Europees Integratiefonds en het Europees Globalisatiefonds.
Het ESF-Agentschap zet middelen in om de werkzaamheid te verhogen en de Vlaamse arbeidsmarkt te stimuleren en te versterken. Maximaal 50% van de ontvangen middelen komt van de Europese Unie. De Vlaamse Overheid en de private sector passen de rest bij. Op 1 januari 2016 worden de meeste taken en personeelsleden van de vzw ESF-Agentschap overgeheveld naar het Departement Werk en Sociale Economie (WSE).